¿Puedo imprimir facturas con notas de pie de página específicas para cada una de mis empresas?

Sí. En el caso de que exista más de una empresa, las configuraciones efectuadas en la plantilla de impresión se aplicarán a todas las empresas. Consulta el artículo para más información.

Para definir notas de pie de página específicas para cada una de tus empresas, accede a Ventas o Compras | Configuración |  Tipos de Factura. Crea o selecciona el tipo de documento que deseas usar en una determinada empresa. En el editor puedes definir una Nota de Impresión que se mostrará en todas las facturas de la empresa de este tipo.